Yuiichi Aizawa est un lycéen de deuxième année qui a visité la ville où se déroule l'histoire sept ans avant. L'histoire commence le mercredi 6 janvier 1999 quand Yuiichi arrive en ville, très indifférent à la ville et ses habitants. Il doit habiter chez sa tante Akiko, avec sa cousine Nayuki Minase. Après sa longue absence, Yuiichi ne se rappelle pratiquement rien, sinon des détails, de sa précédente visite de la ville. Nayuki essaie de lui rafraîchir plusieurs fois la mémoire, mais échoue. Durant l'histoire, en découvrant les aspects surnaturels de la ville, Yuiichi se souvient des événements qui se sont déroulés sept ans plus tôt.