Negi Springfield, 10 ans, vient de terminer ses sept ans d'études de magie. Afin de devenir magicien accompli, il est envoyé au Japon pour être professeur d'anglais dans une classe du collège Mahora (2-A qui deviendra la 3-A). À son arrivée sur le campus, il a un accrochage avec Asuna Kagurazaka, une de ses élèves, chez qui il va loger, sur décision du directeur. Asuna va découvrir rapidement qu'il est magicien. Il va alors apprendre qu'être professeur dans une classe de filles n'est pas toujours de tout repos…