Le plus ancien souvenir que garde Yuuki est celui d'une nuit hivernale, où elle fut attaquée par un vampire... et secourue par un autre. Dix ans plus tard, Yuuki, fille adoptive du directeur de l'Académie Cross, a grandi et est devenue préfet. Elle est amoureuse de Kaname, son sauveur, qui est le président de la Night Class (classe regroupant de jeunes vampires aristocratiques). Mais aussi à ses côtés, il y a Zero, son ami d'enfance, dont la famille fut décimée par un vampire. Depuis ce drame, il voue une profonde haine envers ces créatures mythiques...

La paix établie par le Directeur Cross entre humains et vampires va-t-elle durer ? Les vampires ne cachent-ils pas quelque chose ?

Dans ce monde où règnent mystère et magie, rien n'est comme il semble. Et si le prix de la confiance pouvait être pire que la mort d'un être cher ?